I Armauer befinner vi oss i Bergen på slutten av 1800-tallet, der oppdageren av leprabasillen, legen Gerhard Armauer Hansen, er aktiv. Midt i dette miljøet finner vi også en kvinneskjebne som lever i skyggen av den store oppdageren. «Armauer er ikke Gud, sier Inger. Nei da. Hun ler litt og ser ned i koppen, gjør store øyne. Det har jeg aldri sagt. Armauer, han er bare et menneske. Av kjøtt og blod, som deg og meg, han. En dag kommer han tilbake. Da vil Armauer spørre: Hva gjør den kvinnen her blant alle de glemte, døde?» Inger og den unge Johanne bor på leprahospitalet St. Jørgens i Bergen. De drømmer om å komme seg vekk derfra.