En ugjerning er begått og det er opp til deg å komme til bunns i saken og løse mysteriet. Crime Scene tar spillerne med til et åsted hvor noe forferdelig har skjedd. Spillerne følger historien og opptrer som etterforskere for å samle bevis, se sammenhenger og finne ut hvem som har begått ugjerningen. Uten tidsbegrensning kan spillerne bruke den tiden de ønsker og gi seg hen til etterforskningen. Handlingen i spillet finner sted i Brooklyn i 2002.