En savnet historie er en rik, lyrisk roman om bøker og minner.

1912: Harry Widener, en lovende og lidenskapelig boksamler, går ombord på Titanic mens han bærer en uvurderlig bok han nettopp har kjøpt i London. Etter at katastrofen rammer skipet, hører folk Harry si at han må løpe til lugaren sin for å hente bokskatten. Verken den unge mannen eller boken blir noen gang sett igjen. For å hedre sønnens minne, bygger Harrys mor «Harry Widener Memorial Library» ved Harvard University. Biblioteket skal huse hans omfattende boksamling.

Flere tiår senere jobber Violet Hutchins, en andreårsstudent ved Harvard, som assistent ved Widener-biblioteket. Når mystiske ting begynner å skje på biblioteket, lurer Violet på om Harrys gjenferd prøver å fortelle henne noe …