Jenny kommer hjem til Öland og oppdager at huset er tomt. Har ektemannen Thomas og deres 14 måneder gamle sønn Hugo forsvunnet frivillig eller ikke? Hanna Duncker og Kalmarpolitiet kastes inn i en etterforskning som avdekker mange hemmeligheter. En voksen datter er ikke det eneste Thomas har skjult for kona. Da Thomas blir funnet død stiller hele øya opp for å finne lille Hugo, før det er for sent.

Hanna strever samtidig med ubesvarte spørsmål fra fortiden. Hva skjedde egentlig for 16 år siden, da faren ble dømt for drap? Noen gjør alt for at hun ikke skal finne sannheten.

Skyggeliljen er andre del i Öland-serien, en serie om å leve i skyggen av forbrytelser og om de ubrytelige båndene til hjemstedet.