Jonatan og moren flytter til et lite trehus langt inn i skogen. Jonatan er allerede blitt glad i huset sitt og i skogen sin, men av og til synes han det er ensomt i skogen. Før bodde de i byen, der hadde han mange kamerater. Men så blir han kjent med Kolbjørn Kråke, kong Bong Garn, Ludwig von Due, frøken Hambro og mange andre fugler i skogen. Han får innblikk i en forunderlig verden hvor både hyggelige og skumle ting skjer.