Mens solen skinner ute kaster en fremmed skikkelse lange skygger ned i kjelleren der Tobias og Marius sitter, fast bestemt på å løse gåten bak de magiske Epsilon-bøkene. Uten forvarsel slynges de ut i nye og farefylte eventyr, og håpet om å løse gåten lokker dem stadig videre. Igjen i byen er en fryktinngytende skikkelse. Den markdryppende Vokteren vil gjøre alt som står i hans makt for å hindre guttene. Kan han stoppes før det er for sent?I Oppdrag: Epsilon følger vi 11-åringene Tobias og Marius i en dramatisk, medrivende og action-fylt oppfølger til Oppdrag: Midnatt.