Team Rocket herjer fortsatt over de sju øyene, og beboerne på øynene vender seg mot Pokémon Trenerne!
Red har mistet motet etter tapet mot den Mystiske Pokémonen Deoxys, men nå er ikke tiden for å gi opp!
Sammen med de andre Trenerne må Red nok en gang møte Deoxys, men denne gangen har de en uventet alliert med seg.