I en bortgjemt bokhandel finner Joakim en magisk julekalender. Hver dag når han åpner en luke i kalenderen, faller det ut en liten lapp med en fortelling om Elisabeth og hennes reise til Betlehem. Det er en reise gjennom Europa og Lilleasia, men det er også en reise gjennom historien. Hvem har laget den forunderlige julekalenderen? Kan de være den mystiske blomsterselgeren på torget? Handler fortellingen på de små papirlappene om Elisabeth, som en gang for mange år siden ble borte for moren sin i julehandelen?

Julemysteriet er en "kalenderbok" der Jostein Gaarder forener historisk innsikt og fabulerende fantasi på en enestående måte.