To år har gått siden Red og vennene hans beseiret Team Rocket i Saffron City, og Bruno, en trener fra Elite Four, utfordrer Red til kamp. Red drar av sted for å møte ham, men forsvinner sporløst. En ung trener ved navn Yellow drar avgårde sammen med Pikachu for å finne Red, men Elite Four er på krigsstien.

I Pokémon-eventyrenes andre historie, "Yellow", fortsetter fortellingen om de små rare skapningene og trenerne deres. Etter at historien om Red, Blue og Green ble avsluttet i forrige volum av Pokémon-eventyrene, fortsetter nå serien med sin andre historie, bestående av totalt fire deler.