Ruby ankommer Verdanturf Town klar for å delta i sin første pokémon-konkurranse i Hoenn- regionen. Det ser ut til at han er på rett vei mot målet om å bli verdens største Pokémon-mester! Men snart ledes Ruby ut på nok en omvei, når han blir spurt om å redde en trener fra Rusturf tunnel-kollapsen. Kan Team Magma være bak denne unaturlige katastrofen?

I mellomtiden kan ikke Hoenns gymledere bli enige. Hvem er skurkene egentlig? Team Magma eller Team Aqua ... eller begge?