Da duene forsvant er en historie om samhold, motstand og okkupasjon i Estland under og etter andre verdenskrig. Romanen følger erfaringene til tre karakterer: Roland, en prinsippfast selvstendighetskjemper, hans fetter Edgar, som gjør nesten hva som helst for å skjule sine hemmeligheter og opprettholde sin tilknytning til makthaverne og Juudit, Edgars kone. Juudit rives mellom sin kjærlighet til en tysk offiser, sin frykt for å vende tilbake til sitt ulykkelige, ufullbyrdede ekteskap og sitt bånd til den idealistiske Roland.

Da duene forsvant er den tredje romanen i Estlandskvartetten - en serie som skildrer delingen og annekteringen av Europa, og konsekvensenes ringvirkninger fra 1930-tallet og frem til i dag.