Like før jul får Jonathan beskjed om at faren hans, Jakob Meyer, er død. Jonathan kjente ham ikke, og vet heller ingenting om den delen av familien, annet enn at Jakobs far var jøde, og måtte flykte til Sverige under krigen. På den andre siden av byen, under en oppussing av kjøkkenet, finner Louise og Henrik noen gamle kjærlighetsbrev fra en tysk soldat til en norsk kvinne. Soldaten har vært medvirkende i en grensehendelse som også involverte en ung jødisk mann, og som fikk store konsekvenser for dem begge. Samtidig får småbarnsmoren Tessa sin største hemmelighet avdekket i en selvbiografisk roman. Men romanen forteller også en historie om krigen, og om en ukjent, jødisk student som bare kaller seg «M». Alt henger sammen med alt. For Jonathan, Louise, Henrik og Tessa spiller plutselig over søtti år gamle hendelser, med en for lengst død mann, en avgjørende rolle livene deres, enten de er klar over det eller ikke. "Den siste overlevende er død" er en roman om historie - hvordan den fortolkes, fortelles og lever videre i oss alle.