Etter en periode med kjølig vær har høsten blitt usedvanlig varm og solrik i Skutebukta. En Indian summer. Cecilia, Leo og Une finner en avis der noen har klippet ut bokstaver og ord. Blant annet er det tydelig at millioner og dreper er noen av ordene som mangler i overskriftene. Det viser seg etter hvert å handle om et trusselbrev der det går tydelig fram at politiet ikke må involveres. Det blir derfor opp til CLUE-gjengen å finne avsenderen, og det er flere ting som tyder på at den som har klippet ut ordene og limt sammen brevet befinner seg et sted Skutebukta. Pensjonatet Perlen er fullt av gjester på høstferie, noen mer spesielle enn andre - og mange har noe å skjule. Ute ved Steinholmen ligger en mystisk seilbåt ankret opp, og i et skogholt står det parkert en nedstøvet bil med noen blodige filler i baksetet. I hver av CLUE-bøkene presenteres leserne for en kjent filosof. For å løse Libertygåten må Cecilia, Leo og Une denne gangen gjøre seg kjent med en britiske filosofen John Stuart Mill og hans tanker om frihet. Clue er engelsk og betyr ledetråd, spor for å løse en gåte. I tillegg er CLUE satt sammen av forbokstavene til hovedpersonene i serien: Cecilia, Leo, Une og hunden Egon.