Annelie ser røyken og de skumle flammene danse mot himmelen. Hjemmet hennes brenner ned til grunnen og det er ingen ting hun kan gjøre med det!Hun hadde lovet faren å passe på lillebroren. Han er inne i den brennende hytta og hun klarer ikke å redde ham. I sjokk og fortvilelse rømmer Annelie, dypt inn i den mørke skogen, langt bort fra de vonde minnene.
En dag finner en mann henne og tar henne med til den kloke kvinnen Ylva. Men Annelie husker ingenting. Ikke engang sitt eget navn! Ylva er en veldig snill kvinne og tar seg godt av den lille jenta. Hun har en helt spesiell gave: Hun kan helbrede syke med urter og gammel kunnskap. Folket i bygda kommer til henne når de er syke. Men Ylva lever i en tid da det er farlig å ha slike spesielle evner. Folk som kan helbrede, blir ofte anklaget for å være hekser! Snart begynner folk å hviske og tiske om Ylva også, og det er bare et spørsmål om tid før noen anklager henne for å være en heks! Kan Annelie få hukommelsen tilbake? Og kan hun hjelpe Ylva før det er for sent?

I en svensk domsprotokoll fra 1600-tallet kan en lese om en rettsak mot en 11-år gammel jente som ble stilt for retten etter at barna hun skulle passe brant inne. Jenta fra skogen er en fri fortelling, med utgangspunkt i disse dokumentene.