Clue er engelsk og betyr ledetråd eller spor for å løse en gåte. I tillegg er CLUE satt sammen av forbokstavene til hovedpersonene i serien: Cecilia, Leo, Une og hunden Egon. En av Oslos største gullsmedforretninger blir tømt for varer under et innbrudd. Gjerningsmennene får med seg nesten 20 kilo rent gull, flere kostbare smykker, og ikke minst den verdifulle Malteserklokken, som alene er verdt over 5 millioner kroner. Ranerne blir tatt, men ikke alt utbyttet kommer til rette, blant annet er Malteserklokken fortsatt borte. Sporene leder til den ufyselige Levi Hildonen og Skutebukta. Vi følger vennene Cecilia, Leo, Une og hunden Egon i en nervepirrende jakt på å få løst gåten, og det dukker opp både rømte fanger, mystiske gjester, en død mann, bortgjemte dagbøker, og gamle, spennende irrganger i mørke bunkerser fra krigens dager.